Mäkkylä on yksi Liedon vanhimmista kylistä. Sen asutuksen juuret ulottuvat esihistorialliselle ajalle saakka. Mäkkylän Kappelinmäellä on oletettavasti sijainnut kivikautinen asuinpaikka. Tuomolan mailta Hulkkunanmäeltä on löydetty laajahko viikinkiajalle ajoitettu kalmisto. Kylä on seutukaavassa merkitty suojelukohteeksi ja alue on osa Aurajokilaakson valtakunnallisesti arvokasta maisema-aluetta. Rakennuksista on suojeltu Alinikulan talo, joka on entinen kestikievari.

​

Kylän nimi on ollut joissakin vanhoissa kartoissa Mäkikylä, joka ilmentäisi kylän luonnetta. Vanhan Tampereentien varrella Hakulan ja Nautelan kylien välissä sijaitsevan Mäkkylän kyläkeskus sijaitsee metsäisellä mäellä Aurajokilaakson länsipuolella. Vanhin säilynyt arkistotieto Mäkkylästä on vuodelta 1437. Mäkkylä oli jo 1500-luvulla yksi pitäjän suurimmista kylistä ja maapinta-alaltaan se on yhä Liedon laajimpia.

Uuden ajan alussa kylässä oli seitsemän taloa: Nikula, Mattila, Junnila, Veijula, Tuomola sekä kaksi tuntematonta taloa. Kaikki tunnettujen kantatilojen nimet viittaavat henkilönimiin. Tämän perusteella on päätelty että Mäkkylä olisi ollut aikoinaan yksi talo, joka olisi jaettu viidelle veljekselle. Nämä olivat nimeltään Niku, Matti, Junno, Veijo ja Tuomo. Kantatiloista Nikula lohkottiin isojaon yhteydessä Ylinikulaksi ja Alinikulaksi ja Mattila Vanha-Mattilaksi ja Uusi-Mattilaksi. Kantatilat ovat kaikki säilyneet Junnilaa lukuunottamatta.

Useiden kantatilojen lisäksi kylän liepeille muutti paljon muuta asutusta. Torppia oli 1900-luvun alussa neljätoista mäkitupien lisäksi. Kylään saatiin myös koulu vuonna 1922, kun Päivästön koulun rakennus saatiin valmiiksi.

​

Kylän alueella on myös sodanjälkeistä ja uudehkoa asutusta, mutta varsinaisia uusia omakotialueita ei kanta-alueelle ole muodostunut. Jokilaakson maisema Mäkkylässä on edelleen säilynyt maatalousmaisena ja avoimena.